肛肠手术后疼痛的原因如下：
1.肛门感觉敏锐：肛门是消化道的出口，由于其承担着排便任务，人类在长期进化过程中，使支配肛门的神经异常丰富，肛门局部较身体其它部位对各种刺激异常敏感，所以哪怕是麻醉针刺、切割和结扎时的牵拉等手术操作时都会感到非常疼痛。
2.肛门括约肌痉挛：肛门括约肌分内括约肌和外括约肌，内括约肌主要承担闭合肛门的作用，是直肠壁肌肉的延续和终端，属于平滑肌。平滑肌的特点是非常容易痉挛且不受主观意识控制，当处于暴露状态受到肠腔分泌物、粪便、手术牵拉等化学和物理的刺激都会不自主发生痉挛，痉挛后会加重肛门局部缺血和水肿的发生，使疼痛加重。
3.排便：肛门在排便过程中会反复扩张、收缩，牵拉手术创口，加重疼痛。同时若粪便异常，干燥或腹泻也会刺激创口。所以很多肛肠患者把术后排便叫过关，有人甚至通过禁食来控制排便希望逃过这一关。但这是错误的，一方面禁食导致营养缺乏会影响创口愈合，另一方面肛门也需要在“活动”状态下修复才不影响以后的功能。