肛周脓肿对人体的危害较多，一般有以下几种：
1、若形成肛瘘，会导致肛门疼痛瘙痒剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤。久之致使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁。
2、肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，会影响到肛门的生理功能。
3、形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。
4、可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
5、脓肿扩散，细菌入血，产生毒素，形成败血症、脓毒血症，继而形成感染性休克。
6、若治疗不及时，可使低位脓肿感染加重、蔓延扩散，转化成高位脓肿。