胃食管反流病根据内镜检查结果食管是否有明显破坏可分两种类型: 食管黏膜无明显病变者称非糜烂性胃食管反流病(NERD)，即所谓的“病症性反流”; 有明显糜烂､溃疡等炎症病变者，则称反流性食管炎(RE)，即所谓的“病理性反流”｡临床上通称的“胃食管反流病”多指NERD。

过去认为病症性反流(NERD)是病理性反流(RE)的轻型，胃食管反流病的发展过程是从NERD到RE，然后演变到Barrett食管(BE)与食管腺癌。最近的研究倾向于将NERD、RE和BE视为三种独立的疾病，每种疾病均有自己单独的发病机制和并发症，相互之间几乎无关｡所以，许多患者诊断为该病时心理负担较重，怕病程进展加重变为其他更严重的疾病，其实并不需要有这种担心。RE病变虽然较NERD重，但治疗效果反应反而优于NERD。

也可根据反流物的类型区分为酸反流或碱反流。前者是胃酸反流所致，治疗上抑酸效果较好，后者主要为十二指肠胆汁液反流，此时抑酸治疗疗效不佳。