口服伊曲康唑对轻中度皮炎芽生菌病有效。氟康唑疗效较差，最佳剂量未确定，可试用400~800mg/d口服治疗。

不能耐受伊曲康唑的轻度皮炎芽生菌病人，用两性霉素B静脉注射治疗重症致命的皮炎芽生菌感染常有效。两性霉素B‑1mg/kg/d静脉给药，最大剂量为 50mg/d。5-氟胞嘧啶(5-Fc)100mg~200mg/d口服，偶见恶心、呕吐、腹痛、贫血、白细胞减少和血小板减少，单用可产生耐药。

局部可先用清洁剂，如0.02%呋喃西林溶液或1∶5000高锰酸钾溶液浸泡，并除结痂，再外用抗生素软膏。全身可使用足量的抗生素。未经治疗的皮炎芽生菌病常缓慢进展，最终致死。

芽生菌病是一种由吸入皮炎芽生菌孢子引起的疾病在实验室，或者进入多发病地区，一定要做好防护工作提高免疫力是减少感染的关键。