菌群定位转移是指正常菌群由原定位的生态环境向周围转移，例如下消化道菌向上消化道的转移。小肠污染综合征就是明显的下消化道菌向上转移的一个例证。上呼吸道菌转移到下呼吸道，下泌尿道菌转移到肾盂，阴道菌转移到子宫、输卵管等，也是常见的定位转移。许多正常菌群还可从表层向深层转移，侵犯黏膜上皮细胞、淋巴组织和网状内皮系统。正常菌群寄居部位改变的异位寄生，也可引起疾病。其原因有①射线照射：人或动物在接受一定量放射物质与放射线照射后，吞噬细胞的功能与数量均下降，淋巴细胞功能减弱，血清的非特异杀菌作用减退或消失，免疫应答能力明显遭到破坏，此时易发生微生态失调。微生物对照射的抵抗力明显大于其宿主，人或动物只要有数个Gy(戈瑞)就可产生病理作用，而细菌则需几百个Gy才能损伤结构，而且微生物在照射后对抗生素耐药性提高，毒性亦增强。

②使用抗生素：抗生素使用可以引起菌群失调。Ⅰ度失调是可逆的;Ⅱ度失调是慢性失调，临床表现为慢性炎症，如慢性肾盂肾炎及慢性支气管炎等;Ⅲ度失调是急性失调和菌群交替症，临床表现为急性炎症，如白假丝酵母菌、铜绿假单胞菌等引起的局部炎症和全身感染。在抗生素的选择作用下，能增加正常微生物群对抗生素的耐药性。在肠道正常菌群中，耐药性传递是相当频繁的。如耐药性葡萄球菌、铜绿假单胞菌等正常菌群常导致医院内感染。

③外科手术：包括手术、整形、插管以及一切影响宿主生理解剖结构的方法与措施，都有利于正常菌群的易位转移，因此，在微生态失调的诱发因素中，外科治疗措施占有重要位置。

④其他因素：包括医源性因素、使用免疫抑制剂、细胞毒性物质和激素等因素，都能使机体免疫功能下降，例如肠道正常菌群中的脆弱类杆菌和消化球菌等厌氧菌常可成为机会致病菌而引起内源性感染。