菌群失调的发生率与诱发因素的强度和机体状态有直接关系。主要诱发因素有：①营养障碍和维生素缺乏。②急性感染、激素治疗、X线照射、大面积烧伤、肾移植、慢性肾炎、尿毒症、晚期肝硬变、胃癌术后等，特别是应用广谱抗生素，是诱发本病的主要原因。肠道菌群失调症易发生于大面积烧伤、大手术后、严重感染性疾病、慢性消耗患者。应用广谱抗生素过程中，如同时并用激素或抗肿瘤药物，使机体免疫功能低下时，更容易发生本病。常见的症状是在应用抗生素治疗中，突然发生腹泻，或者说原有腹泻加重，即可能继以本症。腹泻多为淡黄色水样便，有时如蛋花样。

真菌感染可呈带泡沫的稀便，有腥味，未见粘液、脓血便。有的病例粪便中漂浮有呈粉红色的粘膜样碎片，数毫米至数厘米大小不等。腹胀多数顽固，每日5~10次，个别病例达20余次。但腹痛较轻，少数伴有恶心、呕吐，多有水、电解质紊乱。重症可发生休克。肠道菌群失调症慢性腹泻的发生，常因机体内外环境的改变，致使某些条件致病菌，如变形杆菌、绿脓杆菌、产气杆菌、肺炎杆菌等发生优势繁殖而引起，但数量上的增加尚不足说明它就是致病菌，可能只反映了“菌群失调”而已。

某些旅游者腹胀可能就是气候和环境的改变而发生的“肠道菌丛失调”俗称水土不服。结肠镜下见：肠粘膜呈弥漫性充血、水肿、血管分支模糊不清或消失。散在糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。