需要与食道癌鉴别的疾病很多，像各种疾病引起的吞咽困难，如功能性吞咽困难，也称贲门痉挛;食管外压性吞咽困难：常见的有主动脉瘤、异位右锁骨下动脉、双主动脉弓、胸内甲状腺、纵隔肿瘤、纵隔淋巴结增大、主动脉弓屈曲延长;食管炎，以饮食过粗过热及烟酒刺激或微量元素缺乏引起食管粘膜上皮损伤，可出现类似早期食管癌的症状;食管良性狭窄和食管憩室，良性狭窄多为误食化学腐蚀剂引起瘢痕狭窄;食管结核;食管良性肿瘤：平滑肌瘤、食管息肉、食管其他良性肿瘤为食管乳头状瘤、食管血管瘤、食管神经纤维瘤、食管腺瘤、食管颗粒细胞肌母细胞瘤及食管炎性假瘤等均可以通过食管镜检可以确诊。

尤其要注意和慢性咽喉炎以及焦虑症、疑癌症等心理疾患加以鉴别!临床上经常见到因为亲属患癌或者自身压力过大等原因，部分病友短期内反复多次、多家医院行“排癌”检查，不仅花费甚巨，而且背负着沉重的心理负担，甚至于酿成悲剧!这就要求主诊医生不仅治“人的病”，还要重点关注“病的人”，心理辅导为主，药物为辅，做到不遗漏、不夸大!