一般讲，无颅内压增高症状者，或无脑受压症状者，不做手术，可予对症治疗;反之，应考虑手术。对于囊肿伴癫痫，尤其是运动皮层区囊肿，即使颅内压不高，也应考虑手术。对囊肿较大的婴幼儿，尤其是大于3cm以上的囊肿，就算颅内压不高，也应考虑手术。

一些特例如下：

(一)蛛网膜囊肿有时伴有颞骨隆起，但如无临床症状者则不需手术。如是为了头面部美容，也可手术。有症状者应手术。手术目的：切开内壁，释放脑脊液，切除囊壁表面部分，使与蛛网膜下腔相通。伴有脑积水者，或经以上手术未能解除颅内压增高症状者，或术后囊肿复发者，均可可行脑脊液分流术。

(二)感染后蛛网膜囊肿 脑膜炎后因蛛网膜局部粘连而形成囊肿，囊内充满脑脊液，或蛋白含量较高的液体成分。大多为多发性。多见于儿童。常见于视交叉池、基底池、小脑延髓池、环池等处。因脑脊液循环通路受阻，临床可表现有脑积水及颅内压增高症状。视交叉池部囊肿可产生视觉障碍，其他部位者亦可产生局限性症状。儿童常有头颅增大。

诊断依据有脑膜炎史及颅内压增高征。应用CT扫描可确诊。但有时与先天性蛛网膜囊肿较难鉴别。多发性囊肿不宜手术，但可切除产生临床症状的主要囊肿。有脑积水及颅内压增高者可作脑脊液分流手术。

(三)损伤后蛛网膜囊肿 又称软脑膜囊肿。其发生机制为损伤造成颅骨线形骨折，伴硬脑膜撕裂缺损，其下方蛛网膜下腔有出血或蛛网膜周围边缘处粘连，引起局部脑脊液循环障碍，致局部蛛网膜突至硬脑膜裂口及骨折线内，在脑搏动不断冲击下渐形成囊肿，使骨折边缘不断扩大，称为生长性骨折。囊肿可突于头皮下，同时亦可压迫下方的脑皮层。囊内充满清亮液体，周围有疤痕组织。如外伤时软脑膜破损，则脑组织亦可疝入骨折处，并有同侧脑室扩大，甚至形成脑穿通畸形。

本症多见于婴幼儿。常见者为顶骨线形骨折，伤时头皮可无破裂，头皮下局部隆起，经2～3年后骨折线处裂缝扩大。骨缘向外翘起如鱼唇状，囊肿压迫脑组织可产生癫痫，轻偏瘫等神经症状。

头颅X线摄片可见局部软组织隆起影，骨质缺损区边缘不规则，呈波纹状，内板较外板骨质吸收明显。CT扫描可明确囊肿范围，呈低密度影，有时可见同侧脑室扩大或脑穿通畸形。

本症治疗是切除囊肿，修补硬脑膜缺损及修补颅骨缺损。