对硬脑膜外脓肿应首选手术彻底清除病灶，术前、术中及术后均应用大剂量抗生素来控制感染的扩散。术中在吸除硬膜外腔的脓液后，要仔细探查增厚的硬膜，通常在硬膜表面多覆盖有一层颗粒样肉芽组织，应小心清除其表面层并避免穿通硬膜;所有异物也应当取出，包括骨蜡和化学性止血材料;最后硬膜外腔与骨性含气腔隙的所有通道均应被封闭。

虽然有20%的硬膜下积脓的患者合并有硬膜外脓肿，但多数学者并不主张在硬膜外脓肿清除后常规作硬膜下腔探查术，除非是临床症状和影像学资料已明确证实合并有硬膜下积脓的患者。

对于可能存在的原发性感染源也应彻底清除，如额窦炎应切除已破坏的额窦骨壁和感染的黏膜;颅骨骨髓炎应咬除坏死的颅骨直到“健康出血的骨质”、清除脓液及炎性肉芽后用大量抗生素水冲洗创口并放置引流2～3天。中耳炎和乳突炎应做乳突凿开术。