应针对诱发原因，即时停用广谱抗菌素和给予全身支持治疗：(1)全身支持疗法：对大手术的患者，手术前注意补充营养，亦可肌注丙种球蛋白以提高机体免疫功能。也可选用党参、灵芝、猪芩、蒲分英、白花蛇草、鱼腥草等中药提高机体免疫。若大肠杆菌缺如，可培养大肠杆菌菌苗灌肠。另外也可试用注射转移因子、免疫核糖核酸、胸腺素等。(2)原因治疗：如由于巨肠、胆囊炎引起的肠球菌过盛繁殖，维生素缺乏造成的球菌减少或消失，小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去这些原因，然后再扶持正常菌群，始能奏效。

(3)抗菌疗法：已经确诊，应立即停用原抗生素，根据菌种及药敏选用抗生素。如金黄色葡萄球菌所致，可选用红霉素、新生霉素、万古霉素、氯霉素和先锋霉素等。若为真菌，可给于制霉菌素、克霉唑。若白色念珠感染，可用5-氟脲嘧啶，亦可用大蒜灌肠。

预防的方法是：(1)合理应用抗生菌素，可用可不用者不用，可用窄谱不用广谱。对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，要严格掌握适应证，最好能作药物敏感试验、选择最敏感的抗生素。(2)对老、幼及病后衰弱者，用抗生素时并应同时口服乳酶生、维生素B族及维生素C等，以防肠道菌群失调。在大手术前，应注意配合全身支持疗法，如提高营养、服维生素类药物、输血等。