从医学微生态学角度来认识正气可理解为人体微生态系统的正常功能态。20世纪70年代中期荷兰微生态学专家Van der Waaij提出了定植抗力学说，其含义为肠道正常菌群对潜在病原菌在肠道中定植的拮抗作用或抵抗力。研究证明，在正常菌群中，厌氧菌(如双歧杆菌等)对定植抗力负有重要责任，抑制了厌氧菌，定植抗力便下降，扶持厌氧菌，定植抗力便提高。康白教授提出了生物夺氧学说，因肠道正常菌大多为厌氧菌，因此，他用从土壤中所分离出的一株无毒的需氧芽胞杆菌(蜡样芽胞杆菌)制成一种生物夺氧的活菌制剂，口服后，肠道氧气被消耗，提供了供厌氧菌生存的厌氧环境，厌氧菌才能生长，才能维持正常菌的屏障作用和其他功能，从而达到扶正(扶持正常菌群)祛邪(拮抗外袭菌的感染)的作用。由此可见，中医的扶正祛邪理论与维护微生态平衡原理十分相似。

中医的脾胃学说与胃肠微生态系统功能脾胃学说是中医理论的重要组成部分，中医的脾与消化、吸收、代谢、免疫、神经内分泌有关，微生态学研究表明，中医的脾与人体胃肠正常微生物有密切关系。胃主受纳、脾主运化，是指胃受纳食物之后再经脾把水谷化为精微，并将精微物质转输至全身。脾气健运，机体的消化吸收功能才健全，才能为化生气、血、津液等提供足够的养料，才能使全身脏腑组织得到充分的营养，以维持正常的生理活动，反之脾失健运，则机体的消化吸收功能便因此而失常，便会出现腹胀、便泌、食欲不振以至倦怠、消瘦和气血不足等。

医学微生态学研究证明，在人的胃肠微生态系统中存在许多生理性细菌如双歧杆菌、类杆菌、乳杆菌、拟杆菌、粪链球菌、韦荣球菌等，每克粪便的细菌数量可达1014个，如此大量正常菌产生的各种酶，参与了机体的酶池，对三大营养物质(碳水化合物、蛋白质、脂类)的消化吸收起着重要作用，如胃肠微生态系统结构和功能正常，就会发挥正常的消化吸收功能，若结构和功能异常如双歧杆菌等减少时生物屏障作用下降，有利于外来病原菌的侵袭，或与其他肠道菌比例失调或寄居位置的变化如产气菌大量增殖，就会引起腹泻、胀气等表现。