2000年全国慢性胃炎共识意见中，作出了适宜于根除幽门螺杆菌的四条建议：

1.有明显异常的慢性胃炎(黏膜有糜烂、中至重度萎缩及肠化生、异型增生)。

2.有胃癌家族史。

3.伴糜烂性十二指肠炎。

4.消化不良症状经常规治疗疗效差者。

上述第四条就是针对伴有慢性胃炎的功能性消化不良而言。虽然功能性消化不良患者中，幽门螺杆菌的检出率约65%～75%，但此菌的存在与功能性消化不良症状的出现与否无明确联系。此菌在功能性消化不良发病中的作用还待进一步研究。因此，根治幽门螺杆菌对功能性消化不良，只是试验性治疗，在整个治疗方案中不占主要地位。