肛瘘手术后常见的并发症有尿储留和出血。

1、尿潴留：肛瘘术后较少发生尿潴留，若发生尿潴留，应采用热敷、针灸等手段进行治疗，对经各种治疗仍未排尿者，则采用导尿的方法。

2、出血：肛瘘手术一般创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常可发生术后出血。为此，在手术中一定要结扎明显的出血点，对深部不易结扎的血管，要电灼止血，查无出血后，以纱布填充，加压包扎止血。而对仍有出血者，应打开创面，重新止血。