肛瘘一般由急性肛周脓肿破溃或脓液吸收形成慢性迁延性感染性瘘或窦道，也可以没有急性脓肿期，直接形成慢性迁延性感染性瘘管或窦道。肛瘘形成后一般有7种类型发展方向：
1.无明显变化，偶尔因抵抗力下降或“上火”，外口肿痛破溃流脓，2、3天自行愈合，轻微肛门周围不适，不影响生活及工作，多数为较单纯简单的表浅肛瘘，大约占五分之一的肛瘘患者，手术治疗也较简便，很容易一次性根治。
2.因饮酒、过食辛辣和或疲劳，抵抗力下降或“上火”，经常引起急性感染发作，形成脓肿，肿痛明显，常伴有发热，影响生活及工作，自行破溃或切开排脓6、7天好转。
3.肛瘘急性感染反复发作，瘘管走行复杂化，往往在肛门前、后正中更容易形成，左侧愈合后向右侧发展，右侧愈合后向左侧发展，浅层愈合后向深层发展，近处愈合后向远处发展。随着瘘管复杂化，治疗难度也逐渐加大。
4.肛瘘感染呈慢性迁延性发作，感染坏死与炎性增生愈合交替发生，十几年或几十年病史不能完全愈合，近老年和老年期可能发生瘘管组织癌变，即肛瘘癌。现在发生肛瘘不久即就诊，一般能够手术治愈，所以发展成肛瘘癌已经很罕见。
5.坏死性筋膜炎是最严重的并发症情况，肛瘘情况并不复杂，在身体抵抗力明显低下和或瘘管感染上多种致病菌(多含有产气厌氧菌)，迅速沿浅筋膜或深筋膜感染坏死扩散：1)肛门后方瘘管感染扩散到臀部后，沿坐骨神经走行在下肢后方出现皮下筋膜坏死，往往小腿表现比大腿明显，可累及对侧肢体先后发病；2)肛门前方瘘管沿会阴部向阴囊(或阴唇)阴茎及两侧腹股沟区感染扩散，因阴囊皮下筋膜疏松，所以早期以阴囊皮下肿胀表现为主，以后可沿两侧腹股沟向腰背部、胸部皮下蔓延，甚至发展到两侧上肢，除有皮下肿胀、皮肤炎症充血发暗外，还可以扪及皮下气肿；3)如果开始感染形成的脓腔在肛门较深部位，可首先向盆腔筋膜感染扩散蔓延，至腹腔及胸腔深筋膜感染，这时患者表现为肛门、盆腔、腹部、胸腔疼痛及严重感染病危情况，外表看不出感染情况。本病也有轻中重病情演变发展过程，早期诊断不清和或医院条件有限，往往在几小时或几天内发生感染性休克、DIC，抢救困难而死亡。患者也因初诊表现不同，就诊于急诊科(及ICU)、肛肠科、普外科、泌尿科、骨外科等。由于发病少见，病情进展迅速、临床症状变异性大，病情发展像“着火”一样，70%以上在诊治过程中死亡。早期恰当的手术切开引流和高级生命支持(ICU)是本病抢救成功的关键。
6.手术治愈，90以上患者，多在肛周脓肿期和或肛瘘形成后，就诊肛肠科医师，采取手术治疗而痊愈。但仍有千分之一左右的复杂性、复发性、难治性肛瘘，不能一次性、几次手术治愈，患者痛苦，医师也非常困惑。目前医学界建议患者终生带瘘。
7.肛瘘可能会有自行痊愈，特别在婴幼儿时期形成肛周脓肿及肛瘘，大多数小儿科(小儿外科)、肛肠科医师建议保守治疗。观点在于有少部分肛瘘患者有可能自行愈合后，终生不再发作。