颅咽管瘤是颅内罕见肿瘤，非常难治疗，该肿瘤常见的生长部位是蝶鞍之上，少数位于蝶鞍内。说颅咽管瘤难以治疗的原因主要有以下四点。
一、颅咽管瘤不容易早期发现
颅咽管瘤是罕见的颅内肿瘤，各个年龄段都可以发病，当病人开始有症状的时候常常被忽视，不能及时发现。颅咽管瘤病人常见的症状是视力下降、头痛、内分泌症状。
1.视力下降
学龄儿童在出现视力下降时，家长首先想到的是近视，就去配眼镜，配眼镜后孩子的视力仍然下降，眼科检查发现视神经萎缩后才想到颅内有肿瘤，耽误了治疗时机；3岁以内的小儿在视力下降时，家长甚至难以察觉，有的直到完全失明后才发现。我科曾治疗一例2岁儿童，完全失明后才发现脑内有肿瘤，及时作手术后视力恢复很好。五十多岁的病人在出现视力下降后首先想到的是老花眼，也去配眼镜矫正，结果视力越来越差，最后做头CT才发现颅咽管瘤。
2.头痛
头痛是一种非特异性的症状。很多人都有头痛的体验，常常视为感冒或劳累或高血压，不会想到是颅内有肿瘤。当渐渐出现视力下降、精神萎靡不振、健忘等症状后才提示颅内有肿瘤。
3.内分泌症状
儿童颅咽管瘤的内分泌症状表现为生长慢、食欲差、尿多、喝水多，身高明显低于正常儿童；进入青春期年龄却无第二性征发育；成人内分泌症状表现为女性月经稀少、停经、性欲下降、不孕不育；男性性功能减退、性欲下降。
成年人也会出现喝水多、尿多症状；
儿童生长慢常常被认为是营养差，家长一般不会想到颅内肿瘤，不能及时到医院检查；
成年女性出现不孕不育后常常到妇产科检查，忽略了颅内肿瘤；
男性出现性功能减退也常常想到“肾虚”，用中药“补肾”；
“补肾”治疗往往无效，当病人又出现视力下降、头痛等症状后才想到颅内可能有肿瘤，延误了确诊时间。
二、颅咽管瘤位置深，手术难度大
颅咽管瘤最常见的部位是在鞍区，属于颅脑的中心地带，位置深，并且周围有视神经、颈内动脉、大脑前动脉、垂体、下丘脑等主要结构，而且颅咽管瘤常常与下丘脑粘连。
在手术过程中如果视神经受损，可以导致视力下降、失明；颈内动脉或大脑前动脉受损，会造成大出血，危及生命；下丘脑、垂体受损会出现垂体功能低下、内分泌紊乱，轻者造成病人体质差、抵抗力差，严重者也会造成生命危险。颅咽管瘤的手术难点在于既要尽可能的完全切除肿瘤，防止肿瘤复发，又要避免手术对肿瘤周围的重要结构造成损害。
三、颅咽管瘤切除后的垂体功能低下是世界难题
颅咽管瘤完全切除或者积极切除后(即不是姑息性手术)几乎都有垂体功能低下，表现为多饮多尿、肾上腺皮质功能低下、甲状腺功能减退、性腺激素低下、代谢紊乱。手术后的激素替代治疗是确保病人生命安全的重要手段。
有的颅咽管瘤病人在切除肿瘤后的前2天精神好，但随后出现精神萎靡、电解质紊乱、内分泌紊乱，如果不能正确处理，则病人会出现生命危险。
四、颅咽管瘤易复发
颅咽管瘤虽然是良性肿瘤，但它与普通的良性肿瘤不同，没有包膜，有浸润性生长的特点。虽然在显微镜下看达到完全切除肿瘤，但是仍然有极少部分肿瘤细胞残留，造成后期肿瘤复发。颅咽管瘤对放射治疗和化疗都不敏感，一旦复发了治疗的难度进一步增加。