偏瘫是脑血栓的常见后遗症，如抓住最佳康复时机，积极治疗，愈后情况往往比较乐观。但如果错过最佳康复时期，留下偏瘫等后遗症，康复过程会比较长、患者和家属也需要付出更多的时间和精力，才能达到一定程度的恢复。
不管是在脑血栓的黄金康复期，还是在后遗症期，脑血栓后的偏瘫治疗都是药物治疗与康复治疗相结合的。不同的是，在不同时期所用药物及康复训练周期会有所差异。
在黄金康复期，临床上常使用营养神经类、改善循环类的药品，同时还会结合患者的基础疾病情况，使用控制血压、血糖和血脂方面的药物，此时患者单次用药量较大、每日用药次数较多，很容易产生用药焦虑的情绪，需要家属特别关注。此时，还需同步开展康复训练，维持关节的活动范围、增强肌肉力量和耐力、增强平衡协调性、恢复步行能力并增强心肺功能等，但具体康复方案需经由专业康复医师诊断后，因人而异的出具个性化康复方案。
进入后遗症期，治疗方案则会倾向于脑血栓后的偏瘫等后遗症的恢复，此时会相应调整药物类别，临床多使用具有“内养外治、内外兼修”的中成药或中草药来改善肢体症状，比如有“功同再造，其效如神”之称的同仁堂再造丸。大部分患者此时的西药用药量会相应减少，以减轻西药给机体造成的药物代谢负担，减少药物不良反应和副作用的发生。
后遗症康复期的治疗措施和原则依然是以增强肌肉力量和耐力为主，不同的是，由于患者肢体长时间受疾病影响，功能障碍明显加重，因此康复训练强度会较大、训练也需要更全面和系统，在训练过程中，患者会承受较大的心理压力和肢体压力，很容易产生放弃的想法，影响患者的康复。