原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染没有彻底清除，即内口仍存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管，再次形成新的瘘管。这是肛瘘复发的关键之所在。防止复发应做到以下几点：

1、早诊断早治疗:疾病早期往往病情比较简单，内口寻找容易，疗程短，易治愈。

2、找正规医院的专科医师进行手术，他们经验丰富，一次成功率高，即使不成功也不会对肛门功能造成太大损伤。

3、重视术后换药，肛瘘术后处理和手术同等重要，处理不当同样可造成复发。