抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键措施，目前抗病毒治疗有两大类药物一类是干扰素，一类是核苷类似物。病毒彻底清除且永不复发是医生和患者的共同心愿，但是当前的治疗手段还远远不能实现这一目标。因此在抗病毒治疗前让患者了解治疗的预期有利于患者更好地依从治疗方案 。我们可以把乙肝抗病毒治疗的显效过程粗略地分为以下三个层次。(本文主要针对应用核苷类似物治疗的e抗原阳性慢性乙肝)

第一个层次：肝功能恢复正常，病毒定量阴转，这是我们进行抗病毒的基本目标，多数患者经过核苷类似物治疗都可以实现这一目标。病毒定量阴转，肝功恢复正常提示病毒复制明显减弱或者停止，肝脏的炎症活动减轻或者消失，疾病一般不会继续进展。应用核苷类似物的患者大多很容易达到这一层次，值得注意的是达到这一目标并不意味着马上停止治疗，如果很快停药，病毒复制容易反弹，因此仍应继续巩固治疗，争取实现第二个层次的目标。

第二个层次：肝功持续正常，HBVDNA持续阴性，e抗原血清学转换(e抗原阳性的慢性乙肝)：e抗原阳性的慢性乙肝在实现第一个目标之后继续巩固治疗，有部分患者可以实现e抗原血清学转换，即e抗原阴转、e抗体出现，e抗原血清学转换预示着机体免疫系统和乙肝病毒之间的力量消长发生重大转机，实现了免疫控制。实现e抗原血清学转换是停药的基本前提。根据我国2010年《慢性乙肝防治指南》，应用核苷类似物治疗，e抗原血清转换后(前提是病毒定量已经阴转，同时肝功正常)再继续应用一年可以考虑停药。之所以把e抗原血清转换确立为停药指征，是因为达到这一目标后，患者停药后相对不容易反弹。但并不是肯定不反弹。

.第三个层次：是在第二个层次的基础上实现表面抗原转阴：表面抗原的阴转预示着HBVDNA的全面清除，临床上接近痊愈的状态。实现这个目标后再停止用药，反弹的几率更小或者不反弹。当前长期应用核苷类似物治疗或者核苷类似物联合干扰素治疗，有越来越多的患者实现了表面抗原的阴转(请大家务必注意，“越来越多”只是跟以前没有抗病毒治疗的人群比较，实际上能实现这一目标的还是少数人群)，这无疑对广大的乙肝患者是一个福音。但是这还不是当前大多数患者能够实现的。

2010年我国《慢性乙肝防治指南》提出慢性乙肝治疗的总体目标是：最大限度地长期抑制HBV，减轻肝细胞炎症坏死及肝纤维化，延缓和减少肝脏失代偿、肝硬化、HCC 及其并发症的发生，从而改善生活质量和延长存活时间。也就是说基本目标是第一个层次。但是这个目标并不是一成不变的，医学在不断进步，医生也在不断探索各种治疗方案以期进一步提高患者的e抗原血清转换率甚至是表面抗原阴转率。