1.潜伏期一般为10～15天，最短2天，长者可达35天。

2.前驱期一般数小时至3天，部分患者和重型患者前驱期不明显。前驱期主翼现为低热、头昏、乏力、全身不适、四肢酸痛。大多数患者为急性发病，呈急性型经过。

3.恢复期此期持续平均10～14天，体温下降，肢体瘫痪逐步恢复，神志转清，各种症状消失。森林脑炎一般病程14～28天，但有少数患者可留有后遗症，如失语、痴呆、吞咽困难、不自主运动，还有少数病情迁延可达数月或1～2年之久，患者表现为弛缓性瘫痪、癫痫及精神障碍。近年来国内报告，急性期患者的临床症状较过去有所减轻，病死率也明显降低，可能与采取免疫注射，加强对症治疗有关。