当人们感染乙肝病毒后，人体针对乙肝病毒抗原会产生免疫反应，体内出现相应的抗体。通常乙肝检查中所谓的“两对半”就是乙肝表面抗原(HBsAg)和表面抗体(HBsAb)、乙肝E抗原(HBeAg)和E抗体(HBeAb)以及核心抗体(HBcAb)。乙肝病毒“转阴”主要是指乙肝表面抗原、E抗原、乙肝病毒核酸(HBV-DNA)“转阴”。表面抗原是乙肝病毒的感染标志，而E抗原和乙肝病毒核酸是乙肝病毒具有高度传染性的标志，要控制乙肝的病情和传染性，则要抑制病毒的复制，应该使E抗原和乙肝病毒核酸“转阴”，最终达到清除乙肝病毒。

目前医学界对“转阴”的意义已有较成熟的认识，这就是“转阴”不是乙肝治愈的唯一标志，有时“转阴”并非好事，可能是乙肝病毒在体内发生了变异。另一方面，有时患者虽然表面抗原阳性，但病毒却不复制，对健康影响不大。因此，乙肝的临床治愈应是症状消失，肝功能恢复正常，E抗原和乙肝病毒核酸阴转，“转阴”只是治疗的一个方向。目前临床可应用的抗病毒治疗药物的疗效仍因治疗作用的局限性及毒副作用等，而远未达到特效或令人满意的程度。

对慢性乙肝的治疗仍然是包括抗病毒治疗、休息与对症治疗、免疫调整治疗和抗肝纤维化治疗等在内的综合性治疗。