婴儿和青春期的男女儿童可发生肛周湿疣，女性儿童可有外阴湿疣。其传染性很难判断，是否由于HPV的长期潜伏、性虐待或通过日常用具传播不能确定。国外有专家指出，尖锐湿疣是儿童性虐待的标志。

喉部尖锐湿疣大多数病例报告发生在婴儿，主要由HPV6和HPV11引起，病毒传染途径是经胎盘、围生期或生后感染还不清楚;成人喉部尖锐湿疣则和口交有关。巨大尖锐湿疣又称癌样尖锐湿疣，表现为疣体过度增生，类似鳞癌，但组织学示良性病变，与HPV6感染有关。妊娠期尖锐湿疣生长快，脆性增加，应去除;鉴于剖宫产预防新生儿感染价值不明，常规仍应采用阴道分娩，仅在疣体增大到阻塞产道或可能导致大出血时才推荐剖宫产。

亚临床感染：绝大多数生殖道肛门HPV感染是亚临床的，组织细胞学方法也仅能检出不到一半，更多的是核酸水平的亚临床感染。组织细胞水平亚临床感染男性可通过醋酸白试验发现，部位主要在阴茎和阴囊;女性可由阴道镜、醋酸白试验、病理、宫颈涂片等方法检测，以宫颈感染最常见，有醋酸白上皮区、阴道前庭乳头瘤、融合型乳头瘤3种主要表现。