1、望诊：可见外口常在肛门周围皮肤上或臀部形成一突起或凹陷。周围皮肤因脓液刺激，常有脱皮发红，有时有肉芽组织由外口内突出，为常见的细菌感染性肛瘘。若周围皮肤红紫色，瘘口凹陷有稀薄脓液流出，多为结核性瘘管。

2、触诊：低位肛瘘之瘘管，在皮下可以摸到绳状硬条，由外口行向肛门，用指按压，有脓液由外口流出。

3、直肠指检：常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。

4、确定瘘道主体与支体的变化：①、美蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显著处，多数可发现内口。②、探针检查：用探针从瘘外口伸入瘘管，食指伸入肛管，多数探针可在齿线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。

5、全身检查：肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。活动性肺结核患者发生肛瘘，往往为结核性肛瘘，且术后创口愈合较慢;骶髂骨结核患者发生的肛瘘，有可能是骨结核所引起的;大肠炎性疾病如非特异性溃疡性结肠炎、克隆恩氏病均有可能并发肛瘘。对复杂性肛瘘更应注意全身检查，必要时作细菌培养和抗生素敏感试验，并注意血沉、血象变化。必要时作活组织病理检查，以确定肛瘘的性质，并要特别观察有无癌变。

6、其他：如碘甘油造影检查、B超检查、核磁共振检查有条件者也可采用，有助于查清瘘道走向，为手术提供依据。