颅骨结核的治疗原则是，在应用抗结核药物进行系统治疗的同时尽早地施行彻底的病灶清除术。全身治疗主要应用的抗结核药物有链霉素、去氧肾上腺素(新福林)、异烟肼(雷米封)、对氨水杨酸钠等，还需配合良好的休息，加强营养以增强抗病能力。局部病变如已有头皮慢性窦道或颅骨破坏，应尽早手术彻底清除病灶。

在病变较早阶段仅有头皮下寒性脓肿而颅骨侵袭轻微者，可切开头皮清除干酪样物，搔刮皮下增生的肉芽组织及受累的颅骨，放入抗生素及引流条部分缝合伤口后换药，或将伤口全部缝合。如已形成头皮窦道，但颅骨破坏不严重，可通过窦道搔刮受累的颅骨，窦道壁及头皮下引流后换药。但上述方法如效果不佳，仍需及时做病灶彻底清除术。对颅骨破坏严重者，应尽早采取彻底的病灶清除术。

可沿窦道切开，并将其一并切除，充分暴露病灶区颅骨，排出干酪样脓液及死骨，如有颅骨缺损则从缺损处咬除病变颅骨，如无颅骨缺损则于受累颅骨上钻颅后咬除之，切除范围必须达健康颅骨处，其后刮除硬脑膜外及头皮下增生的肉芽组织，伤口冲洗干净后放入链霉素及引流条，伤口大部全层缝合后换药。

如并发脑膜炎时应在全身应用抗结核治疗外，还可在病灶清除后每3～5天经腰穿行抗生素和激素鞘内注射。如有癫痫发作则根据发作类型不同，应用苯妥英钠、苯巴比妥(鲁米那)、丙戊酸钠、卡马西平等抗癫痫药物治疗。如并发颅内结核瘤引起颅内压力增高及神经系统功能障碍时，除应用抗结核治疗及病灶清除术外，需做脑血管造影或CT、MRI检查以明确病变的位置及范围，根据病情再开颅作结核球切除术。