清华大学临床神经科学研究院2011年3月2日成立，研究院由清华大学与北京市神经外科研究所合作成立，北京市神经外科研究所所长王忠诚院士(已故，2008年度国家最高科学技术奖)出任第一任临床神经科学研究院院长。

神经外科中心是医院重点发展科室，隶属于清华大学临床神经科学研究院，也是清华大学生命科学与医学研究院-脊柱脊髓研究所研究所的临床治疗中心。由国内著名神经外科专家王贵怀教授牵头，联手美国著名神经外科专家王劲教授，建立脑疾病中心以及脊髓脊柱疾病中心，汇集了一批高学历、临床经验丰富的医师人才队伍。科室将依托清华大学基础神经科学的优势，欲建立高起点、高水平“转化神经科学”团队;科室建立以疾病为中心的整合性医疗模式，协同清华大学基础神经学科、医院神经内科、脊柱外科、疼痛科、康复科，建立临床神经学科一体化模式;科室秉承医院分科经营理念，激励各位医师共同参与科室经营管理，以促进科室的成长发展，为中青年医师的快速成长提供平台。

建立了完整的神经中心学科体系：

脑血管病中心：出血性脑病、缺血性脑病

脊柱脊髓中心：颈椎病腰椎病微创、脊髓肿瘤、脊髓血管病、脊髓脊柱创伤

功能神经外科中心：癫痫、帕金森、神经疼痛

胶质肿瘤综合治疗中心：脑胶质瘤、脊髓胶质瘤

颅底肿瘤中心：垂体瘤、听神经瘤、脑干肿瘤

神经内镜中心：脑室镜、椎间盘镜

神经创伤中心：脑外伤、脊柱脊髓外伤、周围神经损伤

科室由上述8个中心组成，将建立50-200张床位，发展成国内领先神经外科中心。神经外科现有医师10名，具有高级职称2名，均具有博士学位，博士生导师2名。神经中心拥有先进的O-型臂及手术导航系统、高档进口手术显微镜、各种配套完善的显微手术器械、进口脊柱内窥镜及脑室内窥镜、进口立体定向仪、射频仪、微电极记录仪(细胞刀)、神经刺激器、高级进口开颅铣磨钻、多功能生理监测仪、视频脑电监护仪、术中神经电生理仪、神经中心重症监护病房。

在广泛开展显微神经外科手术的基础上，率先建立起了微创神经外科技术平台，其水平居国际领先。导航手术、O-型臂下手术、脊柱及脑室内窥镜辅助手术、立体定向及深部微电极刺激治疗、癫痫的手术治疗居国内领先接近国际先进水平。充足的人力资源、精湛的技术水平、厚重的科室文化为神经外科的迅猛发展奠定了坚实的基础。

北京清华长庚医院神经外科中心将与清华大学基础神经中心、清华大学玉泉医院共同发展，打造清华大学“转化神经临床研究中心”，同时近期医院与国内外一流学术机构建立了更多的临床与科研方面的合作关系：与世界神经外科学会、美国华盛顿大学神经外科、美国匹兹堡大学神经外科、日本脑神经中心学会及多家机构等合作，培养我科室青年医师和促进神经中心专业的发展。