肛门疼痛可能是肛门异物损伤、肛裂、内痔嵌顿、血栓性外痔、外痔水肿、肛窦炎、肛周脓肿等因素导致的。
一、肛门异物损伤：肛门异物损伤多为外伤异物残留或饮食不当，鱼刺、骨片嵌插肛管直肠所致。
二、肛裂：肛裂引起的疼痛，呈周期性，多发于大便时或大便后，主要由粪便刺激，溃疡裂口扩张所致。其疼痛为阵发性灼痛或刀割样疼痛，可持续数分钟，待粪便通过后，疼痛减轻。另外，由于排便的刺激，内括约肌可呈持续性痉挛，引起溃疡裂口剧烈而持久的疼痛，往往可持续数小时之久，患者坐卧不安，十分痛苦，严重者可疼痛24小时以上。
三、内痔嵌顿：内痔嵌顿以胀痛、灼痛为主，多由于痔静脉曲张、血络破损、血栓形成，造成组织循环受限而脱出肛门外，无法回纳，好发于Ⅱ、Ⅲ期内痔。故需尽早回纳或手术治疗，否则表面黏膜极易出血、破损，甚至并发感染。
四、血栓性外痔：血栓性外痔轻者有异物感，大多伴有胀痛。由于肛周静脉血管破损，血块凝结而成血栓，在肛门外皮下出现青紫圆形硬结节，一般在截石位3点、9点处。
五、外痔水肿：外痔水肿以坠胀、灼痛为主，表现为肛门边缘局限性肿块，质硬、光滑、晶亮、触痛明显。多由于劳累，大便时努挣或手术刺激等造成。
六、肛窦炎：肛窦炎一般为肛门部微痛、坠胀，排便时因粪便压迫发炎的肛窦而致肛门部灼痛，若括约肌因受刺激而挛缩，疼痛则加剧，并向臀部及股后部放射。常伴有少量脓性或粘液性分泌物外溢、气味臭，日久可致肛周潮湿、瘙痒等不适。
七、肛周脓肿：肛周脓肿以胀痛为主，酿脓时疼痛呈鸡啄样。由于肛旁脓肿的发生部位、脓肿大小、致病菌和患者机体抵抗力等种种因素不同，出现的症状和体征也各有异。常见的有肛门周围皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿、直肠后脓肿，以及结核性脓肿等。这些脓肿除主要症状有所不同外，一般均伴有发热、寒战、便秘、排尿不畅。
此外，极少数情况下，直肠癌等因素也有可能导致上述症状，建议及时就医检查治疗。