艾滋病患者中的病原体感染多为条件致病菌如：①原虫引起的胃肠炎十分常见，主要临床表现为腹泻，严重者可导致重度的营养不良。②真菌感染多由白色念珠菌为主，可引起口腔炎，食管炎和直肠炎。口腔炎可影响进食，导致慢性营养不良。食管炎常与口腔炎并存，表现为咽痛，吞咽痛及轻、中度的胸骨后不适感。病变局部见白色斑片物或糜烂。③病毒感染多见的为巨细胞病毒和单纯疱疹病毒等。因病变部位和范围临床表现各异,如食管炎或食管溃疡可引起咽痛或胸骨后不适感，食管溃疡的还可引起出血。内镜下，食管溃疡常为浅而宽，圆形。胃炎的镜下表现为局灶性炎症伴有中心性糜烂。