中药灌肠是治疗溃疡性结肠炎的一种重要手段，能使药物直达病所，提高肠内局部血药浓度，同时,由于大肠的吸收能力很强,药物经灌肠后,可混合于直肠腺体的分泌液中,透过黏膜后经直肠上、中、下静脉丛和直肠淋巴系统而被吸收。

避免了肝脏的首过效应，防止或减少药物在肝脏被破坏以及胃肠消化液、消化酶对药物的破坏，药物的利用度得到了充分发挥。临床上可用黄连、黄芩苦寒燥湿化浊;蒲公英、败酱草、白花蛇舌草清热解毒,清除结肠表面的溃疡;白及、三七粉有高度黏性,可保护创面,促进黏膜修复。便脓多者,可加入锡类散、西黄丸,以增强化浊解毒之功;便下血多者,加云南白药,以增强止血之力。