少数假性囊肿无症状，仅在B超检查时发现。大多数病例临床症状系由囊肿压迫邻近脏器和组织所致。80%～90%发生腹痛。疼痛部位大多在上腹部，疼痛范围与囊肿位置有关，常向背部放射。伴有恶心、呕吐、食欲下降。体重下降见于部分病例。发热常为低热。腹泻和黄疸较为少见。

囊肿如果压迫幽门可导致幽门梗阻;压迫十二指肠可引起十二指肠郁积及高位肠梗阻;压迫胆总管可引起阻塞性黄疸;压迫下腔静脉引起下腔静脉梗阻症状及下肢水肿;压迫输尿管可引起肾盂积水等。纵隔内胰腺假性囊肿可有心、肺和食管压迫症状，发生胸痛、背痛、吞咽困难、颈静脉怒张等。如果假性囊肿伸展至左腹股沟、阴囊或直肠子宫隐窝等处，可出现直肠及子宫受压症状。体格检查时，多数患者上腹部或左季部有包块可扪及。包块如球状，表面光滑，鲜有结节感，但可有波动感，移动度不大，常有压痛。