房颤的主要危害是脑卒中和心力衰竭。

房颤时，心房机械收缩功能丧失，血液瘀滞而易形成血栓。若血栓脱落，栓子随血液循环到全身，可引起脑梗塞或体循环栓塞而致残、致死。房颤患者血栓栓塞事件发生率为正常人的5～17倍。非瓣膜病房颤患者不抗凝状态下年卒中率为5.3%，35%的患者在其一生中至少发生过一次脑卒中，老龄、高血压、糖尿病、冠心病、慢性心衰病史都是房颤脑卒中的危险因素。因此，对于卒中高危的房颤患者抗凝是必要的。

其次，房颤患者心房有效收缩功能丧失和长期心率过快可导致心动过速性心肌病，最终导致心功能下降甚至心力衰竭。