幻肢痛可为搏动性痛、烧灼样痛、针刺样痛、钻孔样痛或压迫感、强直感、痒感等，同时主观感觉已经截除的肢体仍然存在。疼痛大多阵发性出现或加重，常于安静时或夜间发作，情绪变化、气候变化、疲劳或其他疾病可以诱发或加重疼痛。幻肢痛常伴有截肢痛，疼痛多由截肢残端瘢痕中的神经瘤引起，可有瘢痕硬结或神经瘤，局部皮肤感觉过敏，轻轻触摸即可引起整个肢体的放射性疼痛。

可使用各种止痛剂治疗，但疗效一般都较差，难以控制疼痛症状。近年来，人工冬眠疗法开始用于治疗幻肢痛，取得了一定疗效，但副作用较大。常用的人工冬眠合剂有Ⅰ号合剂和Ⅱ号合剂。人工冬眠疗法必须在有经验的医师监控和指导下，才能应用，一般两周为一个疗程。

根据幻肢痛的部位和特点，可行各种神经外科手术治疗。手术可在脊髓或脑部进行，根据疾病的表现和经济承受能力，考虑实施脊神经后根入髓区破坏术、神经通路切断术、立体定向毁损术、慢性电刺激或体内埋植吗啡泵等方法。