新生儿科成立于上世纪60年代，是全国最早成立新生儿科的医院之一。设有床位70张，其中NICU病床20张，早产儿床20张。1999年被上海市卫生局确定为上海市儿童急救中心。2001年率先开展新生儿急救转运工作，至今转运超过1200例病儿，年均收治新生儿2000例，NICU年均收治 300例，已成为国内设备及条件最先进的新生儿病区和NICU之一。科室技术力量雄厚，集医疗、教学、科研为一体，现有正高职称3人，副高5人，其中博士2人，硕士3人。
　　新生儿科在80年代初获卫生部与联合国儿童基金会“小儿急救与培训”项目资助，率先在全国建立了新生儿重症监护室（NICU）。在国内首先开展危重新生儿机械通气治疗，填补了当时国内对新生儿呼吸衰竭应用呼吸机治疗的空白。90年代在国内首先开展小儿呼吸衰竭病理生理及临床研究。1994年获上海市医学领先学科预备项目资助。通过上海市交通大学985工程建设学科项目预审，批准成立危重病研究所。获上海市公共卫生体系建设新三年行动计划“上海市儿童医院急救中心”项目 。近年开展了危重新生儿肠内、肠外营养支持技术；肺表面活性物质治疗；机械通气新模式等综合治疗，存活率显著提高。参与2006年“中国新生儿营养支持临床应用指南”制定 。开展围产期窒息的临床干预治疗的进展研究及全身亚低温和药物治疗缺氧缺血性脑病的研究。
　　新生儿科拥有高素质的护理队伍，常规开展深静脉置管、PICC置管、脐血管及桡动脉穿刺测压、腋静脉穿刺、脐静脉换血术、鸟巢护理、早产儿发育支持照顾等技术。病房实施24小时监控系统，配备国内最先进的呼吸机、无创正压通气、新生儿专用高频呼吸机，拥有各种有创或无创多功能监护仪、长颈鹿多功能暖箱、全功能婴儿辐射抢救床、微量血气，拥有一套带呼吸机的新型转运系统，可提供24小时的重症新生儿转运服务，为危重新生儿的成功转运和成功抢救创造了条件。
　　新生儿科常频机械通气，开展同步通气、PSV等新的通气模式，肺力学监护机械通气治疗，高频振荡通气，肺表面活性物质治疗，胃肠道外全静脉营养，新生儿CVVH，经外周静脉中心静脉置管，全身亚低温治疗缺氧缺血性脑病，新生儿听力筛查和早产儿视网膜病变筛查，危重新生儿转运，床边动脉血气、微量血糖监测，床边X线、头颅超声检查，经皮胆红素测定等。

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