男科学研究所的工作始于20世纪60年代，经过江鱼教授、王益鑫教授等几代人的共同努力，于2001年12月由上海市卫生局正式批准成立上海市男科学研究所。2007年成为仁济医院第三期特色学科（专业）。
　　男科已发展成为集男性疾病临床与科研于一体的临床型研究所，主要方向和任务是研究男性不育、辅助生殖技术、男性性功能障碍、前列腺疾病等疾病的发病机制、早期诊断和治疗方法以及青少年生殖健康服务等。现拥有一本国家级生物医学类专业核心期刊《中国男科学杂志》、上海市唯一的人类精子库、两个男科中心（前列腺疾病研究信息交流中心和仁济-杨森男科研究培训中心）、一个医师协会授权的男科专业医师培训基地，结合医院现有的一个卫生部批准的生殖医学科，为本研究所的工作奠定了良好的基础。
　　男科经过两次改建，已建立国内外一流的硬件设备，包括：男科常规检测实验室、精子发育与遗传实验室、生殖医学实验室、细胞培养室、分子生物学实验室、VIP诊疗室、性功能检测室、、显微外科培训实验室、病例数据库系统、网络/视频控制室以及建立具有视频播放功能的取精室等。
　　男科在临床工作方面，各病种检测手段齐全，诊疗规范化（尤其是无精子症规范化诊疗流程）程度及科研水均处于国内领先地位。每周开设普通门诊10个半天，门诊量可达80-100人次/天。常规开展包括显微外科生殖道重建、阴茎假体植入术等在内的所有男科手术。2009年完成手术量超过1000台。
　　男科在科研方面，近5年来，完成省、部级及国家级课题21项，企业横向课题12项。发表核心期刊论文95篇，其中SCI收录杂志论文8篇。
　　男科在教学方面，最为上海地区率先开展青少年生殖健康教育及宣教指导工作的机构。自06年起已构建较合理的强大教学团队。新开设的《性与健康》课程已入选10年交通大学通识教育核心课程。
　　男科正是由于研究所在学术与临床工作方面的影响力，现已与澳大利亚墨尔本大学、美国康奈尔大学、加拿大麦吉尔大学以及德国吉森大学等知名学府建立合作关系。
　　男科专业诊疗特色
　　1.梗阻性无精子症的显微外科治疗
　　对于先天性输精管附睾缺如、输精管结扎术后、输精管梗阻等梗阻性无精子症，在阴囊探查术查明梗阻部位，在远端输精管通畅而近端附睾有精子的情况下，采用显微外科技术，将同侧输精管与附睾管端端或端侧吻合，或采用对侧交叉吻合。术后解剖复通率达75%以上，解除了大量梗阻性无精子症患者的“无后之忧”。
　　2.精索静脉曲张不育的治疗
　　采用腹膜后精索内静脉高位结扎术治疗精索静脉曲张，使术后80%的患者精液质量得到提高，42%获得生育。这一临床成果获1996年上海市科技进步三等奖。
　　3.人工授精治疗男性不育
　　1987年受上海市卫生局委托进行人工授精临床研究，并开展了附睾精子人工授精、丈夫精液人工授精、供者精液人工授精。目前，共有数百对不育夫妇通过供者精液人工授精获得了健康的孩子，最大的孩子已进入青春期。我科AID成功率为40%，达到国际先进水平（综合国外文献报道AID成功率为36%-45%）。1990年对精子上游处理技术进行了改进，其研究成果之一（一种精液培养盒）获得了国家专利，并获得1993年上海市优秀发明选拔赛职务发明三等奖。
　　4.试管婴儿技术治疗不育
　　男科生殖医学中心成立于2001年，由著名的妇产科专家林其德教授和男科专家王益鑫教授领衔，从国内外引进了优秀人材，发展非常迅速，曾实现了原上海第二医科大学系统多个零的突破，如首例卵胞浆内精子显微注射妊娠成功；首例绝经期妇女供卵试管婴儿妊娠成功；首例冷冻胚胎移植妊娠成功。目前试管婴儿成功率稳定在40%左右，达到国际先进水平。

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