康复医学科是由原康复、理疗、高压氧科于2000年合并建立的一级临床科室，经过十多年的发展，目前拥有各级医技护人员28人，其中高级职称4人，博士3人(2人在读)、硕士9人。康复病区有床位30张，康复治疗中心600平方米。
　　康复医学科主要开展神经系统疾病和伤残的康复治疗，如中风偏瘫、脊髓损伤(截瘫)、脑外伤及颅脑手术后、周围神经损伤等患者的康复治疗;骨关节软组织疾病和伤残的康复治疗，如骨折和关节手术后、手外伤、颈椎病、腰腿痛、关节炎、各种扭挫伤的康复治疗;多种内、外、妇、儿、皮肤、口腔、五官科疾病及疼痛的物理治疗。
　　康复医学科拥有进口和国产康复设备一百多套件，以及运动治疗和作业治疗的成套康复器材;其中高压电位治疗仪，物理治疗工作站、平衡测试和训练系统、上肢康复机器人、床边上下肢智能训练系统、肌电生物反馈仪、言语吞咽障碍治疗仪、美式脊柱矫正床等都是目前国内最先进的设施;开展物理因子治疗、运动治疗、作业治疗、言语吞咽障碍治疗、心理治疗、矫形器支具制作、内毒素注射、针灸推拿、高压氧治疗、美式脊柱矫正等康复治疗技术。
　　康复医学科又是南通大学康复医学系、康复医学与理疗学硕士点，承担着医学院康复治疗学专业主要专业课程的教学任务和医、卫、护各专业《康复医学》课程的教学任务。2007年起已有五届200余名康复治疗学专业本科生毕业和两届康复医学与理疗学硕士研究生毕业，得到用人单位的一致好评。近五年来，科室先后主持和参与省、市、校各级各类科研和教研课题十六项，在各种学术期刊发表论文三十余篇，主编、参编康复医学专著、教材九部，获得各种科研成果奖、教学成果奖、优秀论文奖近二十项。

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