新疆医科大学第一附属医院昌吉分院是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的二级甲等综合医院。医院占地面积140亩，建筑面积8.8万平方米，是一座设备精良、设施条件一流的花园式医院，位于新疆昌吉州昌吉市青年南路与石河子路交汇处，距乌鲁木齐市30公里。初期开放床位700张，开设临床医技科室30个。新医大一附院派驻昌吉分院的院科两级领导及业务骨干近百人，担任所有职能管理部门和科室主任职务，每周一至周五均有新医大一附院专家在昌吉分院坐诊，从而实现向昌吉分院管理和技术全覆盖输出。

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