抗生素常规性用于治疗支气管扩张急性加重期;急性加重期的表现具有包括咳嗽增加，痰量增加，脓性痰，胸痛，咯血以及气短加剧等。

在治疗支气管扩张时，对抗生素的选择很大程度上取决于自患者肺中分离的致病菌，另一方面尚取决于该抗生素能否在肺组织达到有效的浓度;目前在支气管扩张患者痰液中分离的最常见微生物包括流感嗜血杆菌及肺炎链球菌。阿莫西林是最常见被推荐作为经验性治疗的抗生素。红霉素或新一代的大环内醋类，四环素及第二代头抱菌素是可接受的选择。剂量应较常规剂量更大些，这是由于抗生素难于在痰中达到合适的浓度，在使用阿莫西林并试图清除流感嗜血杆菌时尤为如此。预防性使用抗生素对支气管扩张患者是有益的。特别是近年来对小剂量红霉素用于支气管扩张的预防性治疗关于的研究证明能使患者复发间隔时间延长,症状减轻。

当痰培养的致病菌为假单胞菌时，则治疗较为困难。此致病菌不但难于清除，且常导致病情更为广泛且预后更差。对其抗生素的选择取决于药物敏感试验。对假单胞菌的定殖的另一种治疗措施是使用妥布霉素的气雾剂，600mg ，每天3 次，疗程4 周，能降低痰中假单胞菌的浓度。