基于疱疹病毒可能在口疮性溃疡的病原学中起作用的设想，一些研究者提倡使用无环鸟苷预防溃疡发生。Pedersen报道8例RAS患者使用了较大剂量无环鸟苷(800毫克，每天两次)，其中6位患者表明可预防溃疡复发或减轻溃疡症状。然而，一份双盲研究在25位RAS患者中进行了一年时间的研究：患者使用400毫克无环鸟苷，每天两次，结果并没有发现有何疗效。有些作者的实际经验也表明，数百例RAS患者使用无环鸟苷无效。

一份双盲研究还评估了另外一种抗病毒药物即人类α干扰素(1200IU/天，一分钟内冲洗并吞咽)对于RAS患者的疗效。19例患者在接受了为期两周的治疗之后，其中有11例可长达6个月不发生溃疡。对于抗病毒药物预防口疮性溃疡的作用有必要进一步研究。

Amlexanox是一种抗过敏和抗炎药，可用于治疗支气管哮喘、过敏性鼻炎和结膜炎。美国一些有对照组的临床研究表明局部使用5%的Amlexanox可以缓解疼痛并加速溃疡的愈合。这种局部使用的药物非常适用于不常发生MuAU却很难耐受疼痛的患者。

在美国，治疗溃疡最常用的方法就是局部使用激素。在口腔黏膜中局部使用有效药物这一方法由于口腔的不断活动以及唾液不断分泌而受到限制。使用强效的氟化激素制剂，如氟轻松醋酸酯和丙酸氯倍他索可以解决这种问题。有人发现使用这些药物治疗溃疡(每天五次)，不仅有效而且可减少激素被吸收引起的副反应。局部使用的激素制剂可以与纤维素酶复合物混合在一起或在用药后立即用Zilcatin-B覆盖。

软腭、口咽部和舌背部的大型 MjAU可以造成剧痛以及进食饮水困难。实际上，在损害部位内注射曲安奈德可使这些患者的症状在两天之内迅速缓解并使溃疡愈合。对于MjAU患者，有些作者常规全身使用激素。根据经验，RAS患者对不同的激素制剂会出现不同反应。去炎松和强的松的效果并不如倍他米松(0.6毫克/5毫升)和地塞米松(0.5毫克/5毫升)的口服制剂。对于活动性损害来说，可常规给予10天为一疗程的上述任何一种激素治疗，同时还可每天三次，每次用一茶匙(5毫升)漱口水漱口一分钟并吞咽下去。这可以使大多数患者病情缓解，然而那些病情严重而且身体虚弱的RAS患者将会在两到三周内出现不同程度的病情复发。为了避免激素不规则使用和滥用，可规定将撤药过程尽可能延长。最终的目的是使用最少的激素来维持病情缓解。

由于激素存在各种副作用，所以最近的研究重点就在于免疫抑制剂的使用之上。两种具此疗效的药物就是反应停和己酮可可碱。反应停(α酞亚胺戊二酰胺，α- phthalimidoglutarimide)是一种有免疫抑制性的镇静催眠药，但是不幸的是具有致畸胎的副作用(海豹胎儿肢体畸形)。因为该药对于红斑结节样麻风、慢性系统性红斑狼疮以及白塞病有治疗效果，所以最近将反应停引进了美国。

最近一个有关于爱滋病人口腔和食管口疮性溃疡的多中心双盲随机实验表明，使用反应停的这一组中，55%的患者的口腔溃疡在四周内愈合，而使用安慰剂治疗组中仅为7%如此。如果将完全愈合和部分愈合的患者合在一起，则使用反应停组中有效率为90%，使用安慰剂组中仅为25%。反应停对于免疫功能正常的患者中的RAS同样有效。有一研究表明在25位患者中，每天使用100毫克反应停可以使其中16例患者出现长时间的病情缓解。

尽管反应停对于一些免疫介导性疾病有效，但还不是很清楚其作用方式。其抗炎性质包括抑制嗜中性粒细胞的趋化性以及单核细胞的吞噬作用。反应停抑制了单核细胞和淋巴细胞释放致炎性细胞因子肿瘤坏死因子和γ干扰素的作用。

由于存在导致生育缺陷的危险，因此，对于有生育能力的男、女性RAS患者来说，反应停的使用应严格限于那些长期使用激素治疗无效或禁忌使用激素的重症病人。除非使用了行之有效的避孕措施，否则不应该给育龄期妇女使用反应停。反应停其他可能的副作用是嗜睡、外周神经疾病、中性粒细胞减少以及皮肤红斑。神经系统损害是一个比生育缺陷更为重要的副作用，出现率约为20~50%。发生率与反应停的累积量和治疗疗程似乎无关。

己酮可可碱被用来治疗慢性白细胞碎裂性血管和白塞病的患者。这种药物使用(400毫克，每天三次)一个月之后，可在长达9个月的时间内使RAS患者病情完全缓解或发病次数减少。由于其副作用较少，所以己酮可可碱对白塞病有一定的治疗前景。但是，缺乏大样本RAS患者的双盲、随机、安慰剂对照的研究对其安全性和疗效予以证实。