(2)溶血性链球菌

许多研究调查了口腔溶血性链球菌同RAS以及BS之间的联系。有关于这方面的研究首先是通过观察BS患者出现链球菌引起的扁桃体炎和龋齿的发生率较高而进行的。此外，在BS患者中，各种链球菌抗原都可激发皮肤超敏反应并出现致炎细胞因子的PMBC产物增多。有假说提出，60~65KD的热休克蛋白(HsP)是链球菌和口腔上皮细胞之间的一种共同交叉反应性抗原。有趣的是，HsP65在多种细菌感染中皆可发挥免疫优势抗原(immuno-dominant antigen )作用。RAS和BS患者具有HsP65分支杆菌的血清抗体，并且HsP65反应性αβ和γδT细胞增加。针对HsP65分支杆菌的抗体与链球菌HsP有交叉反应，这表明二者有相同的抗原决定簇。因此，可以作出这样的假设，微生物HsP65刺激黏膜的郎格罕细胞，依次产生自身反应性T细胞群，后者主要针对口腔上皮细胞的内源性HsP60而发挥作用。

(3)幽门螺旋杆菌

自从发现了幽门螺旋杆菌在慢性胃炎和十二指肠溃疡中的作用之后，一些研究者开始探索此类细菌在RAS中的潜在作用。使用原位杂交方法，研究者发现29例口疮性溃疡患者的活检中有6例存在幽门螺旋杆菌的DNA。另外有研究表明，13例口疮性溃疡患者中11例出现了幽门螺旋杆菌的DNA。此外，将RAS患者同没有口腔黏膜疾病的患者以及健康对照者相比较，针对幽门螺旋菌的血清IgG反应的发生率并没有显著差异。一个试图在口疮性溃疡中分离和培养幽门螺旋杆菌的研究也没有获得成功。

许多研究者都提出这样的假设：对于慢性胃炎的患者而言，口腔可能是幽门螺旋杆菌的居留场所。这些研究中大多着重于牙菌斑，这是因为牙菌斑里含有大量尿素酶阳性的细菌微生物的缘故。然而，十分敏感的DNA检测手段和及其优良 细菌培养方法均不能证实牙菌斑或唾液中存在幽门螺旋杆菌。