正确区分器质性消化不良与功能性消化不良是合理治疗的前提与关键。器质性消化不良可通过有关检查显示相关病因，如消化性溃疡、糜烂性胃炎、食管炎及恶性肿瘤等，也包括全身性系统疾病引起的消化功能异常，如糖尿病性消化不良、进行性系统性硬皮病等。临床实践中，临床医师对于“报警症状和体征”应予足够的重视，一旦出现，应立即给予必要的检查，以排除器质性消化不良。
目前认为，报警症状和体征包括：45岁以上近期出现症状；消瘦、体重下降大于3千克；贫血、呕血、黑便；黄疸；发热；吞咽困难；腹部肿块；症状进行性加重；内科治疗无效。常用的一线检查方法有：血常规、血沉、粪潜血试验、电子胃镜、肝胆胰超声；进一步检查包括：肝肾功能、血糖、甲状腺功能、胸部X线检查等。值得强调的是，电子胃镜检查在消化不良的诊断中尤为重要。功能性消化不良的诊断应该是排除诊断，即排除器质性消化不良。诊断功能性消化不良之前，一定要有充分的证据来排除。
按照罗马Ⅱ标准，功能性消化不良诊断标准：持续或反复上腹正中部疼痛或不适；所出现的症状没有器质性疾病可以解释；症状与排便无关；上述症状在近12个月内至少出现12周，症状可以间断性出现。亦可进一步根据病人存在的不同症状，分为3型：溃疡型、运动障碍型、非特殊型。