慢性乙型肝炎的治疗主要是以抗病毒治疗为主。但乙肝病毒携带者通常无需治疗，只需定期随访检查。一般来说慢性乙型肝炎是不能完全治愈的，医学发展到现在，目前还没有办法彻底治愈慢性乙型肝炎，但是根据病情和感染方式不同及个体不同，部分患者可以控制住病情，甚至终身不复发，达到临床治愈。
慢性乙型肝炎的治疗目标，是最大限度地长期抑制乙肝病毒复制，减轻肝细胞炎症性坏死及肝纤维化，延缓和减少肝功能衰竭、肝硬化代偿及其他并发症的发生，从而改善生活质量和延长生存时间。因此，乙肝患者一定要积极治疗，有效的抗病毒治疗可以延缓乙肝患者进展为肝硬化或肝癌。抗病毒治疗的药物可以选择富马酸丙酚替诺福韦片（科菲克），这是目前慢性乙型肝炎治疗的一线推荐药物，能够强效抑制病毒，耐药性较低，骨、肾安全性更高。
在治疗慢性乙肝病毒上遵循早发现，早治疗的原则。如果治疗得晚了，已经发展到肝硬化阶段，则需要终身抗病毒治疗。在治疗的过程中如果经常中断治疗，可能会造成病毒耐药，同时会加大治疗的难度。一般来说慢性乙型肝炎患者治疗结束后的三个月内，应该每个月检查一次肝功能、乙肝病毒血清学标志物及乙肝病毒DNA。再此之后，每三个月检查一次肝功能、乙肝病毒血清学标志物及乙肝病毒DNA，至少随访一年，以便及时发现肝炎复发及肝脏功能恶化。