康复科始于1990年，1996年正式成立康复科。在儿童脑性瘫痪康复防治方面有较强的优势和特色。康复科现有主任医师1人，副主任医师1人，主治医师2人，住院医师1人，治疗师2人。建科十多年来共接诊病人2万余人，治疗人次近4万，采用运动疗法、作业疗法等现代康复技术结合传统医学的推拿、针灸等进行治疗，取得了较好的疗效。同时将这些康复技术推广到社区和家庭，编写教材，培训家长，并根据每个患儿的病情为其制定切实可行的康复计划，开创了医院与社区、医生与家长合作的脑瘫康复模式。
　　康复科随着儿童医院的建设发展，康复科的就诊环境也将大大改善，有宽敞的针灸按摩室、物理治疗室、运动治疗室、作业治疗室、语言治疗室、功能评估室等等。配备了可视音乐治疗系统、智能运动训练系统、中药汽疗仪等。除了脑瘫的综合康复，还可以对智能发育迟缓、轻度孤独症、学习困难、语言障碍儿童等开展康复治疗。康复科的专业人员和知识结构正在不断充实和提高，整体康复水平将更上一个新的台阶。
　　康复科曾有三次参与国际合作项目：1992年~1994年，经过对儿童医院脑瘫研究项目的考察，医院被确定为联合国儿童基金会中国儿童发展中心子项目单位；1996年参与美国健康基金会组织的“增进人类健康”项目；1996年~1998年，承担比利时教育部项目，医院分4批派出11人赴鲁文大学医学院附属医院和儿童发育中心参观学习，本科室有4人在比利时接受了为期1~3月的康复技术培训，中比合作在杭州举办了三期脑瘫康复培训班，为浙江省培训了近百名基层医院的儿科医师和儿童保健医师，促进了浙江省脑瘫康复工作的开展。并多次承担省自然科学基金、省卫生厅和浙江大学医学院科研项目。《小儿脑瘫的综合防治研究》等项目还获浙江省医学科学技术进步优秀奖。

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