呼吸科是国家中医药管理局重点学科、自治区重点学科和国家药物临床试验机构专业科室；在2008年由国家发改委、国家中医药管理局组织的国家临床研究基地申报过程中，我院一举进入全国16强，被确定为国家中医临床研究基地(主要研究病种为“慢性阻塞性肺病”)，取得此类国家重大项目在新疆卫生界是首次，也是西北唯一一家。
　　目前呼吸科有医生20余人，其中主任医师4人，副主任医师5人；博士2人，硕士16人；博士生导师1人，硕士生导师1人；自治区有突出贡献优秀专家1人。现拥有编制床位140张，是目前新疆呼吸专业床位最多的科室，分为普通病区，呼吸重症监护室，呼吸门诊，肺功能室，电子支气管镜室等。年收住病人4000余人次，门诊量达36000人次。
　　拥有美国产PB-840、Drager-evita2、Resmed 等有创呼吸机10余台，Resmed、德国万圣、Serena等品牌无创呼吸机30余台；德国产D97201耶格肺功能测定仪、日本产CHEST-Astogaph-Tupitet气道过敏性测定系统，日本产奥林巴斯BF-P240电子支气管镜及内科胸腔镜等国内外先进设备；近期还购买了美国产麦加菲ULTIMA运动心肺诊断系统及瑞典生产的气道炎症检测仪(呼出NO测定系统)等世界一流设备，是目前新疆唯一一家拥有该先进设备的医院。
　　现已开展过敏原测定，肺功能、气道激发试验，有创、无创机械通气治疗；支气管镜常规检查、内科胸腔镜检查及介入治疗；CT定位经皮肺穿刺等检查治疗项目。同时我科还充分发挥中医药特色，开展了支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、肺间质纤维化等病的“冬病夏治”中药敷贴治疗，以及秋冬进补的膏方治疗缓解期支气管哮喘、慢性阻塞性肺病，以预防疾病的复发和进展等，以益气活血为大法治疗疑难疾病“肺间质纤维化”，大大提高了临床疗效；近几年来针对常见病研制出中药院内制剂“桑杏止咳散”“祛风止痉散”，取得了良好的疗效，受到患者的好评。

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