中医科创建于1958年建院之初，是新华医院最早建制的科室之一，由中医内科、中医儿科、中医妇科、伤科、针灸科五个科室组成，集医疗、教学、科研于一体的综合性临床科室。现为上海市示范中医科，上海市中医儿童脑病优势专科，上海交通大学医学院脾胃病诊疗中心，小儿哮喘协作组成员，中医儿科为国家中医药管理局“十二五”重点专科。中医科拥有主任医师2名，副主任医师8名，主治医师3名，上海市中医高层次临床人才1名、上海市中医希望之星1名。
　　中医科在医疗方面注重中医特色专科的建设，开设了中医肿瘤专科、儿童抽动障碍专科、儿童咳喘专科、冬令膏方调理专科、冬病夏治门诊、中医心脑血管专科、中医消化专科、月经病专科、肾病及男性病专科、骨关节病专科、减脂专科等特色中医专科。中医科秉承“发扬中医特色、中西医相结合”的诊疗特点，发挥穴位敷贴、中药熏洗、冬令膏方等中医特色治疗方法，在中医内科、中医儿科、中医妇科、伤科以及针灸科等疾病的治疗上形成了独特、系统的诊疗体系，某些专科在市内处于领先地位，在国内也具有一定的影响。
　　中医科作为上海交通大学医学院中西医结合硕士学位授予点，拥有硕士生导师2名，已培养研究生10名，在读4名。作为上海交通大学医学院附属新华医院中医教研室，承担交通大学医学院中医基础理论和中医营养学的课堂教学任务、临床见习和实习任务；作为上海中医药大学、上海中医药大学国际教育学院的实习、见习基地，承担本科生以及留学生的中医学带教工作，同时接收一定数量的外籍和内地进修医生来进修学习。并作为上海市中医专业住院医师轮转培训教学基地，负责上海市住院医师和全科医生的轮转培训工作。中医科在科研方面经过几十年的努力，先后承担国家自然科学基金、国家中医药管理局、上海市科委、上海市卫生局、申康集团等资助基础与临床研究课题20余项，确立的主要研究方向有：中医药对肿瘤的防治作用研究、小儿抽动障碍的中医药治疗机制及其发病特点，纳米中药制剂的制备研究及临床作用研究，中西医结合对常见妇科病的治疗，中药外敷对骨关节炎的作用机制研究等。研究成果先后获得国家教育部科学技术进步奖二等奖、上海市科技进步三等奖以及上海中西医结合科学技术奖三等奖等5项奖项，授权发明专利7项，申请专利3项，拥有科技成果1项，在国家统计源期刊发表论文近100篇，研究成果填补我国多项中医药研究领域空白，为提升传统医学，继承、发扬祖国医学做出了突出贡献。

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