北京同仁医院眼科研究所成立于1959年，是全国第一所临床与基础理论研究相结合的眼科专业研究所。其宗旨以常见及多发致盲眼病的临床与基础研究为主要任务。初始由张晓楼教授创导组织的数人研究小组，迄今已发展为有七个研究科室：微生物研究室、生理研究室、药理研究室、病理研究室、防盲研究室、生化研究室、编辑情报室，60余名工作人员，在国内外颇具影响的眼科研究单位。
　　北京同仁医院眼科研究所，1955年张晓楼教授与汤飞凡教授合作，首次用鸡胚胎分离培养沙眼衣原体获得成功，解决了世界眼科界长期未能确定的沙眼病原问题；以及其后张晓楼教授领导的全国性沙眼调查及沙眼防治工作的突出成绩。汤飞凡与张晓楼教授因而被世界沙眼防治组织授予“国际沙眼金质奖章”。
　　北京同仁医院眼科研究所在多个领域进行了深入探讨和研究：
　　北京同仁医院眼科研究所对沙眼衣原体的超微结构、内毒素样物质的测定；角膜及眼表疾病、感染性及免疫性眼病的诊断、治疗研究；角膜移植免疫排斥反应、角膜干细胞培养及移植研究；视网膜感光细胞培养、虹膜色素上皮细胞培养、功能及移植实验研究；角膜及眼底新生血管光动力学等眼科研究前沿；眼前节及眼底病变图象采集及分析系统的研制应用等均已取得显著成绩；青光眼的早期诊断视功能、视神经损害及视神经保护与修复；抗青光眼药物的实验研究；中药干预白内障及对不同类型白内障分子机理的研究。
　　北京同仁医院眼科研究所视网膜感光细胞培养、虹膜色素上皮细胞我所为世界卫生组织（WHO）中国防盲合作中心，为亚洲两个中心之一，全国及北京市防盲指导组办公室均设于我所。多年来与世界卫生组织的合作，推动了全国防盲工作的开展，在低视力的康复等方面取得相当的成效。
　　北京同仁医院眼科研究所作为北京市唯一的眼科博士后流动站，每年吸收3~4名博士进站，同时还招收2~3名眼科博士生，3~5名眼科硕士生，形成了科研、教学为一体的新模式。有百年历史的同仁医院眼科和眼研所统一合作，建立了北京高技术实验研究中心，旨在眼科领域建立一支高水平的科研队伍及完善的研究设施，加强临床研究与基础研究相结合的创新性高水平研究的探索。

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