中山二院心胸外科创建于1957年，是广州地区最早开展心胸外科手术的单位之一。1960年，开展首例体外循环心内直视手术成功，不久又成功进行先天性心脏病房间隔缺损修补术和室间隔缺损修补术。70年代起，开展法乐氏四联症等复杂型先天性心脏病的矫治术和心瓣膜置换术。90年代初，开展了支气管袖状切除术和隆突切除重建术以及喉咽颈段食管癌联合切除后胃咽吻合术。1998年，开展了冠状动脉搭桥术和电视胸腔镜手术，施行省内首例电视胸腔镜下未闭动脉导管结扎术获得成功，达国内先进水平。1999年开展不停跳心内直视手术，2000年7月10日又成功施行院本部首例二尖瓣置换加冠状动脉搭桥术，2001年成功开展了非体外循环冠状动脉搭桥术。对常规的心脏体外循环手术，如：先天性心脏病、各种风湿瓣膜病手术；冠心病外科治疗，多种重症大血管病的手术治疗方面具有丰富的临床经验，效果优良。尤其是冠状动脉搭桥手术效果达到国内领先水平，曾为86岁高龄病人施行冠脉搭桥手术获得成功，创下国内年龄最大病人搭桥手术成功记录。同时，电视胸腔镜治疗手汗症、小切口心脏手术等微创手术均取得良好效果。
　　中山二院心胸外科现有床位35张，教授3名，副教授5名，主治医生2名。博士研究生导师2名，硕士研究生导师5名。多人曾在欧洲做博士后或进修学习。现任科室主任为杨艳旗教授，中山大学引进人才，获得瑞典（欧共体）心胸外科专科执照。
　　中山二院心胸外科配备有心胸外科ICU、先进的人工心肺机，主动脉内球囊反搏仪，电视胸腔镜、人工呼吸机、床边多功能监护仪、起搏仪等先进仪器设备。
　　中山二院心胸外科2001年获得国家实用新型专利一项。每年获得多项国家省部级科研项目，并在国内外核心期刊发表多篇论文。

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