中医科成立于1956年，当时为上海第一医学院儿科医院，第一任主任为原上海市十大名医之一顾文华老中医。1987年，顾文华老中医退休后，由徐迪三老中医担任中医科第二任主任。1990年，时毓民教授任中医科第三任主任和中西医结合研究室主任。2000年，俞建副教授开始担任中医科主任，副主任为沈雅娟副主任医生。2005年汪永红副教授替代沈雅娟担任中医科副主任。现主任为俞建教授、副主任汪永红副教授，在职教授2名，副主任医师5名，住院医师1名。

中医科从1956年开设中医科门诊后，门诊量逐年增加，目前年普通中医门诊90000人次/年。另外，参加中医和中西医结合特需专家门诊和专家门诊的工作，每年诊疗大量病人。教学：每年担任本科生和研究生的中医学，中西医结合儿科学，儿科学中青春期医学部分的的约20学时教学任务。先后带教研究生16名，博士4名，目前在读研究生6名。历史：60年代中-70年代初，党和政府号召西医学习中医，儿科医院许多高年资西医医生均接受过顾文华、徐迪三老中医的中医基础知识培训。目前，儿科医院许多有名的老教授在内科、外科等领域还运用当时所学的中医知识中西医结合治疗病儿。其中如时毓民教授后来走上中西医结合的道路，成为全国著名的中西医结合专家，第二届全国名老中医师带徒导师。60年代，中医科与西医合作，开设中西医结合肾脏病门诊，确定了在小儿肾病综合征不同阶段的中医治疗原则，研究出一系列的院内制剂，2006年中医科与肾病风湿科合作，成立中西医结合病区，联合查房。70年代，又开设联合西医，开设消化疾病门诊，按照小儿消化系统疾病不同证侯，辨证制订了消化系列方，应用于临床，获得良好效果；80年代初，儿童性早熟：八十年代初已故老中医顾文华教授在全国首先提出儿童性早熟的中医病机在于“肾阴虚，相火旺”，采用滋阴泻火中药为主治疗儿童性早熟，经过时毓民、蔡德培领衔的研究小组的不断努力和改进下，制订出一整套治疗小儿性早熟的中西医结合方案，研制出系列治疗性早熟的方剂，如儿早丸、早熟1号、早熟2号等，临床治疗小儿性早熟获得良好疗效，1987年在全国首先开设性早熟专科门诊，1995年，被上海市卫生局批准为特色门诊；2001年，经过全市性的擂台，荣获上海市中医特色专科，2004年6月通过优秀专科鉴定并挂牌。2004年治疗性早熟的系列方案“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”申请了国家发明专利。近十年承担完成了国家自然基金3个、卫生部、上海市多项科研课题，成果先后获2001年、2005年、2007年先后获上海市科技进步奖、中国中西医结合学会科技进步奖，2010年作为主要参与者之一，获国家科技进步二等奖，2010年开始创建上海市达标中医科项目，2011年中医科以儿童性早熟作为主要优势病种，申报2011年十二五国家临床重点专科及国家中医药管理局十二五重点学科成功。90年代初，中医科又开始开设厌食专科，采用中医辨证和针灸（次四缝）相结合的方法治疗小儿厌食等消化系统疾病。遗尿专科采用中药为主，中西医结合的方法诊疗遗尿患儿，2001年与肾脏科、泌尿科联合成立复旦大学附属儿科医院遗尿诊疗中心。消化专科门诊采用中西医结合的方法治疗小儿慢性腹泻、胃窦炎等。均有相当的疗效。2000年，开设青春期月经病门诊，采用中西医结合的方法，进行青春期女童月经异常疾病的诊疗。2001年“补肾中药调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的作用及机理”获上海市科技进步二等奖。2004年“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”2004-RY01-193获国家发明专利。2006年与肾病风湿科联合，挂牌成立上海唯一的中西医结合儿科肾病病区。2007年“儿童性早熟中医药临床干预、诊疗规范及机理研究”获中西医结合学会科技进步二等奖。2011年进入上海市达标中医科建设。2011年进入国家中医药管理局“十二五”重点专科建设。以中医儿科相关疾病协作组组长身份，牵头“小儿性早熟”、“小儿汗证”等诊疗方案、指南及临床路径建设，并在医、教、研诸方面取得相应的成绩。2011年获评卫生部-国家临床重点专科-中医儿科，在3年的建设期间从临床、科研、人才建设软硬件方面真正成为的中医、中西医结合儿科的“国家队”。

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