眼科于1959年10月建科，是成立最早的科室之一，编制床位20张。1984年批准为硕士学位授权学科，1986年7月编设眼科学教研室，2003年批准为博士学位授权学科。现开设床位19张，各类人员16名，其中高级职务4名。
　　眼科于70年代末80年代初，开展眼球缺损伴结膜囊畸形的整复，研制成义眼座植入和灌注性硅眼座，使眼球缺损得以整复，装上义眼以假乱真。90年代初，积极开展眼眶肿瘤的研究，大胆探索，不断总结，经过十几年攻关，逐渐掌握了眼眶肿瘤的病理生理机理，建立了完整的眼科影像学诊断模式，形成了一套成熟的手术方法，开展了一系列眼眶肿瘤微创手术技术，在同行业中渐露头角，有一定影响和声誉。近几年，学科发展迅速，医教研取得突出成就，先后3次荣获集体三等功，获总后勤部学习成才先进集体、第二军医大学标兵单位和先进党支部、上海市卫生系统先进班组等称号。
　　眼科经过长期的积累，目前科室已经形成以眼眶病的诊断和治疗为龙头，以激光乳化白内障手术、近视眼准分子激光治疗和眼底病的诊断与激光治疗为辅的学术发展方向。全科自1996年以来共开展课题研究10余项，包括国家自然科学基金3项，上海市科委资助基金3项，军队青年科研基金1项，军队“九五”、“十五”重点科研课题各1项，基金总额100多万元。近年发表论文100余篇，主编、参编专著10余部。获得上海市医疗成果三等奖1项，军队医疗成果二等奖1项，军队科技进步二、三等奖4项。积极进行继续医学教育，有4人获得校“A”级教员称号，培养硕士研究生20余人;多次举办全国眼眶病影像学诊断学习班。

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