泌尿外科成立于20世纪70年代，是国内最早建立的小儿泌尿外科专业科室。现有普通专科床位27张，每年完成大中型手术超两千余例，确诊率与治愈率居在全国同行业中处于领先地位，其中95%以上病儿来自外省市，而近年来慕名求诊的港澳及国外病例数正逐年上升。目前科室设主任医师1名，副主任医师职称4名，高年资主治1名，住院医师数名，现有博士生导师1名，硕士生导师1名，博士1名，硕士2名，并已建立起一个全面的科研梯队，主要致力于组织工程学在泌尿系统中的应用研究，已获得多项国家自然科学基金及国家教育部、卫生部、市科委等基金的资助，共发表国内外核心期刊论文近百篇，参与小儿泌尿外科专著编写近十部。
　　泌尿外科2009年成立的上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”以及2010年以本科室为牵头单位成立的上海市“儿童泌尿外科腹腔镜诊治及重建技术应用研究”，标志着儿童医院小儿泌尿外科具备国内领先水平，成为国内为数不多的诊治范围最全面的小儿泌尿外科微创中心，并已成为国内少数具有全面、专业的小儿泌尿生殖系统先天畸形疾病诊断、治疗、科研等能力的学科。

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