感染科是上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心的重点科室之一。科室前身为上海市传染病医院杂病科，1992年收治首例艾滋病患者；1994年经历“02”病战役，出色完成任务;2003年，杂病科医护人员与全员、全市各方面专家一起圆满完成了上海市抗击“SARS”任务；2003年成为艾滋病国家级继续教育培训基地。是复旦大学传染病国家重点学科组成部分之一。
　　2004年11月科室更名感染科。2005年起，主要收治艾滋病以及肝病以外的各类法定传染病。科室依托华山医院开始招收硕士研究生，2007年开始招收博士研究生。2007年11月感染科分为感染一科和感染二科，其中感染一科收治艾滋病住院患者。2009年科室独立招收博士、硕士研究生。2010年1月5日上海市艾滋病诊疗中心在中心挂牌，卢洪洲教授任主任。病房位于医院A-4楼的2层，有50张床位(包括水电路病房)。作为上海市艾滋病收治唯一定点医院的科室，至今已收治来自海内外数千例艾滋病患者。在艾滋病抗病毒与机会性感染治疗方面积累了大量的临床经验。由中心广大专业人员参加的“东方爱心俱乐部”也设在本病区，病区还曾经负责艾滋热线的接听服务，为广大咨询者答疑解惑(东方艾滋热线57247788)。

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