风湿科主要从事风湿免疫系统疑难病的诊疗，尤其以系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、多发性肌炎（皮肌炎）、硬皮病、强直性脊柱炎、干燥综合征、白塞氏病等为专业重点。2000年4月正式开设风湿科病房，核定床位30张，配有传统中医理疗室，可进行中药气雾透皮治疗以及局部熏蒸、浸泡治疗。
风湿科开展各种免疫性疾病的临床、科研已二十余年，完成多项科研课题，曾获得卫生局、部级科研成果奖，积累了大量的病例资料，完成了大量深入扎实的基础与临床研究工作。风湿科在临床科研中观察到，SLE慢性活动性病人，以阴虚内热者居多，大约占到90%左右。据此首先提出红斑狼疮以虚立论，以阴虚内热为疾病的根本，贯穿于疾病的始终，以养阴清热为治疗大法，并筛选出系列有协定处方，如红斑汤、免抑合剂、复方生地合剂、养阴活血生津方、补肾通络方等，包括免疫调节、抗过敏、抗血管炎、调节体液中枢、降蛋白尿、抗关节炎等方面，取得较为满意的效果，使中药在一定程度上替代激素、免疫抑制剂成为可能，延长了患者的生存率，提高了患者的生活质量。临床上已有大批病人完全缓解十年以上，恢复正常工作和生活，并结婚生育。2000年通过打擂台获得“上海市中医治疗红斑狼疮特色专科”称号，2004年通过卫生局A级验收。确立了风湿科中医中药治疗系统性红斑狼疮的重点学科地位。2009年成为国家中医药管理局“十一五”重点专病专科成员。由于上述疾病的病因不明，治疗困难，目前现代医学治疗的方法主要运用激素、免疫抑制剂、非甾体类消炎止痛剂、抗疟药等等，疗效明确，作用迅速，但存在毒副作用这一明显不足。而积极应用中医药治疗风湿、免疫性疾病，减少激素、免疫抑制剂的毒副反应是我们的一大优势。
风湿科，采用中医以及中西医结合的治疗方法。工作思路是：1，早期或轻症风湿、免疫病则单纯用中医中药治疗；2，已经服用激素无法减量或已用激素并无疗效，病情仍不稳定者，则加用中药，待病情稳定后再酌情减激素；3，晚期或重要脏器受损危及生命时，运用足够的激素或免疫抑制，以挽救患者生命为重，待病情缓解即投以中药辅佐，减毒增效。
风湿科现有硕士研究生导师2名，医师硕博比例达66.7%。科室时刻关注现代风湿病学的新进展，重视科研和学术交流。科室承担的科研课题有上海市教委自然基金、上海中医药大学科研基金等各级别科研课题。通过科研探索中药治疗各种风湿免疫性疾病的作用机制，总结临床疗效，重视各级学术交流，取长补短。科室同时承担着上海中医药大学授课和临床实习带教任务。并积极开展健康教育活动，提高患者对于疾病诊疗知识以及中医治疗特色的认识水平，防治结合，竭诚为广大病友服务，2009年10月获中华医学会颁发的“全国优秀中医健康俱乐部”称号。

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