儿科创建于1952年，创始人郭迪回国后担任儿科顾问，在黄惟章、许积德、莫宝泰、钱琦、邓碧尔历届老主任的努力下，仁济儿科在治疗儿童先心病、儿童保健、儿童白血病、儿童肾病综合征、儿童反复呼吸道感染、儿童多动症具有特色。现在曹兰芳主任带领下，1995年开始筹建儿科实验室并开展肺炎支原体特异性抗体检测，制定一套便民服务措施，健全各项规章制度，开设双休日、专家咨询夜门诊，支气管哮喘、儿童保健、小儿消化等专科门诊，成立上海仁济儿童哮喘中心，经过十多年的探索努力形成仁济儿科新的医疗特色。目前，仁济儿科重点开展儿童风湿病、儿童哮喘等过敏性疾病的临床诊治和科研，添置了小儿肺功能测定仪、酶标仪、超净台、ENO检测仪，建立了二级生物实验室，仁济儿科医疗、教学、科研水平不断提高。儿科现有床位30余张，拥有独立的儿童风湿免疫病房，具有儿童风湿免疫病、过敏性疾病、儿童保健、儿童心理咨询、小儿消化、中西医结合等5个专业学组。医师18人，其中正高3名，副高6名。博士3名，硕士6名。年门诊量5万余人次，近几年以来，主编或参编了专著10本，开展多项新技术新项目。
　　儿科在儿童风湿病学科上占优势，同时儿童过敏性疾病的诊治水平也相当领先。十多年前，仁济儿科就和成人呼吸科、皮肤科、五官科、中医内科一起组成仁济医院过敏性疾病诊治中心，曹兰芳主任兼任该中心副主任，和许以平教授一起对过敏性疾病开展了规范的临床诊治、预防及研究工作。去年，仁济儿科与上海儿童医学中心、儿童医院、新华医院组成了上海交通大学医学院儿童哮喘病诊疗中心，并合作开展了课题研究和学术研讨等活动。儿童过敏性疾病包括支气管哮喘、过敏三联征（哮喘、湿疹、鼻结膜炎）、肺炎支原体感染诱发的哮喘、反复呼吸道感染和慢性咳嗽等。利用中西医结合手段防治这些疾病疗效肯定，得到了同行和病家的一致认可。
　　儿科作为上海交通大学医学院附属仁济医院教学点，三年制住院医师规范培训基地，负责本科、专升本教学，还设立硕士、博士教学点，有博士生导师1名，硕士生导师2名。每年招收硕士、博士2-3名，现已培养硕士、博士27名。在曹兰芳主任带领下，科研和临床并重，努力建设一个学习型团队，进一步提高儿科的医疗水平。连续五年举办了“全国小儿风湿病诊治进展”学习班及三期“儿童系统性红斑狼疮诊治进展”、“儿童幼年特发性关节炎诊治进展”和“儿童风湿病相关眼病诊治进展及影像学改变”等卫生部网上继续教育学习班。由曹兰芳教授主持的华东地区首届儿童风湿病学术研讨会在上海顺利召开，由她牵头全国8家儿童医院对《全身性幼年特发性关节炎临床特征及预后的研究》在国际会议中心召开的首届东方儿童国际论坛上演讲，受到与会专家学者的一致认可。
　　儿科教研室是上海交通大学医学院儿科学临床教学基地之一，非常重视学科在医疗、教学、科研三方面的均衡发展，学科目前拥有一支经验丰富、布局合理的临床教学人才梯队。儿科教研室专科发展齐全，实力雄厚，学术氛围浓厚，目前承担了临床医学专业（包括五、七、八年制、夜大）、研究生、预防医学专业的教学任务。

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